原經文
「復次曼殊室利，彼藥師琉璃光如來得菩提時，由本願力，觀諸有情，遇眾病苦，瘦攣、干消、黃熱等病，或被魘魅、蠱毒所中，或復短命，或時橫死，欲令是等病苦消除，所求願滿。
時彼世尊入三摩地，名曰：『除滅一切眾生苦惱』，既入定已，於肉髻中，出大光明，光中演說大陀羅尼曰：
『南無薄伽伐帝、鞞殺社窶嚕、薜琉璃缽喇婆、喝囉闍也、怛他揭多耶、阿囉訶諦、三藐三勃陀耶、怛姪他唵鞞殺逝、鞞殺逝、鞞殺社、三沒揭諦、莎訶。』
爾時光中說此咒已，大地震動，放大光明，一切眾生病苦皆除，受安隱樂。
曼殊室利，若見男子女人，有病苦者，應當一心為彼病人，常清淨澡漱，或食或藥，或無蟲水，咒一百八遍，與彼服食，所有病苦，悉皆消滅。
若有所求、至心念誦，皆得如是無病延年。命終之後，生彼世界，得不退轉，乃至菩提。
是故曼殊室利，若有男子女人，於彼藥師琉璃光如來，至心殷重，恭敬供養者，常持此咒，勿令廢忘。
復次曼殊室利，若有淨信男子、女人，得聞藥師琉璃光如來、應、正等覺，所有名號，聞已誦持。晨嚼齒木，澡漱清淨，以諸香華、燒香塗香，作眾伎樂，供養形像。
於此經典，若自書，若教人書，一心受持，聽聞其義；於彼法師，應修供養，一切所有資身之具，悉皆施與，勿令乏少。如是便蒙諸佛護念，所求願滿，乃至菩提」。
語體文
（六）演說真言諸佛護念
1．持咒治病
世尊又對曼殊室利說：「那位藥師琉璃光如來當他成佛時，由於他在菩薩因地所發的本願力，欲濟一切眾生的苦難，尤其看到人們遭受種種病苦的報應，如羸瘦畸形、消渴虛癆、黃疸熱病等；或是被人以邪術受魘、魅、蠱、毒等暗害；或因短命；或時橫死；藥師如來的悲心要使這四種苦報消除（1），人們為消災延壽向他祈求都能願滿。
2．入定說咒
那時藥師世尊，首先入定（三昧）（2），名叫『除滅一切眾生苦惱』。凝心息慮的正定完畢，在他佛身頭頂的肉髻（ji記）中，放出大光明（3），在光芒四射中演說藥師真言（大陀羅尼咒）（4）如下：
『南無薄伽伐帝（6）、鞞殺社窶嚕、薜琉璃缽喇婆、喝囉闍也、怛他揭多耶、阿囉訶諦、三藐三勃陀耶、怛姪他唵（6）鞞殺逝、鞞殺逝、鞞殺社、三沒揭諦、莎訶。』
當時藥師世尊在光芒中說完此咒，大地震動，放出大光明，照耀一切眾生，所有的病苦都被消除，普遍蒙受安穩的快樂。」
3．持咒滅苦
「曼殊室利、如果看到有病苦的男子、女人，應當一心為那病人虔誠持咒，自己應先洗澡漱口，以求清淨，對著病人吃的食物或藥品或無蟲的淨水，念這藥師真言108遍（7），然後給他服用，這樣所有一切病苦，都能消滅。
如果有其他祈求，只要至誠專心無間地唸誦此咒，都能同樣如願；不僅無病延年，命終之後，還能往生到東方琉璃世界去，決不會退轉回來（8），乃至繼續修行直至證得無上正等正覺。
4．結勸受持
所以曼殊室利、如有男子、女人對那藥師琉璃光如來，誠心殷切、恭敬供養的話，應該常常誦持此藥師真言，不要廢忘。」
佛又對曼殊室利說：「若有清淨正信佛法的善男子、善女人，聽到藥師琉璃光如來、應供、正等覺等所有十種佛的名號，聽了就修持唸誦陽（9）；早晨刷牙漱口、洗澡清淨後（10），敬獻各種香花、燒香、塗香，奏種種微妙音樂，來供養藥師如來像（11）。
對這部藥師經典，或者自己抄寫，或請別人抄寫，可以分播四方流傳後世，自己一心誦唸受持，邊聽邊思考，研究經中意義，做到信、解、行、證。對於那精通佛理的法師（12）們，應尊重敬修供養，把一切生活所需資養身體的衣、食、住、藥等東西，都要無償地供給他們，勿使有所缺乏。這樣的恭敬供養三寶，就能蒙十方三世一切諸佛的護念保佑，滿足所求的願望，乃至證得無上正等正覺。」
注釋
1．要使這四種苦報消除：即原經文「欲令是等病苦消除」。病苦是苦報之一，苦報有四種：1）眾病苦報，2）諸毒苦報，3）短命苦報，4）橫死苦報。病苦中瘦攣，指手足拘曲；幹消即是消渴，為虛癆症；黃熱中黃是黃疸的腫症，熱是發熱的蒸症，即熱性傳染病。橫死是壽命未盡，無病不該死亡，但突遭橫禍而死。加上中毒、短命，都是藥師如來本願要消滅的苦報。
2．入定（三昧）：即原經文「入三摩地」。三摩地（samath）。又叫三昧，漢譯為正定，如靜坐中息慮凝心、不昏不散的境地，即心專注於一境。
3．肉髻中，放出大光明：是三十二相之一，比喻佛的法身所現的般若相。肉髻是頭頂最高處、像髮髻狀的肉，放出光明是顯現無上正覺來完成救度眾生的事業。
4．藥師真言（大陀羅尼咒）：梵文陀羅尼（incantation）就是咒，也可說「真言」，這裡是藥師真言，因為一切咒是佛菩薩親口所說，不講其意，所以叫密咒，梵文翻譯漢文時，只譯音，不譯意。
5．南無：是梵文Namas、Namo的音譯，一般譯為南無，或那謨，意譯為歸依、歸命、歸敬或致敬。「南無」是佛教信眾一心歸順於佛陀的常用語，用在佛、菩薩名號之前，表示對佛、法、僧三寶的尊敬和虔信，如歸依佛、法、僧三寶。《觀無量壽經》說：「南無阿彌陀佛」。又如《如意輪陀羅尼經‧如意寶輪王陀羅尼》說：「南無佛陀耶、南無達摩（法）耶、南無觀自在菩薩摩訶薩。」
6．薄伽伐帝：即薄伽梵，意譯世尊。鞞殺社：即藥，窶嚕：即師，薜琉璃：即琉璃。缽喇婆：即光，喝囉闍也：即王，怛他揭多耶：意譯如來，阿囉訶諦：即應供，三藐三勃陀耶：即三藐三菩提，意譯正遍知。怛姪他：即說咒曰。唵：此字下是密咒，不能翻譯。（此咒大意是：用法藥醫治一切眾生病苦。使之立即痊癒。）
7．念這藥師真言108遍：即原經文「咒一百八遍」。煩惱有108種，所以用108遍的咒力破除108種煩惱。如借咒力加持食物、藥品和無蟲的潔淨水中，都成為良藥，能消除所有病苦。
8．決不會退轉回來：即原經文「得不退轉」。這裡指到了東方琉璃世界後，所發的誓願不退轉、修得的果位不退轉，所得的修證也不退轉（願、位、證三者）。
9．所有十種佛的名號，聽了就修持唸誦：即原經文「所有名號、聞已誦持」。此處提出如來、應供、正等覺等所有十種名號，是強調對藥師琉璃光如來的尊敬和崇拜，所以要唸誦他所有十種名號。出聲地背念叫誦。
10．早晨刷牙嗽口、洗澡清淨後：即原經文「晨嚼齒木澡漱清淨」。這裡講恭敬供養佛、法、僧三寶，必先清淨身和口；印度古時用小指大的齒木放在口內咀嚼，來清潔口腔和刮舌。
11．供養藥師如來像：即原經文「供養形像」。供養佛像的香華表示萬行，燒香表示智觀，塗香表示戒品，伎表示四攝（佈施、愛語、利行和同事），樂表示法言，其他幢幡表示禪定，還可供養清淨飲食品、燈光照明及各種資財等等。供養僧寶可用衣、食、住、藥等資身。這一段說明修、供、受持和解義等修持的方法。
12．法師：參見經題註釋8，一般指精通佛法，善於講解經義，為人師表者稱為法師，是指學識道德高尚的僧尼之尊稱。目今對年長的僧尼禮貌上也稱呼法師。道教中善符籙、祈禳諸法的道士，也稱為法師，如同基督教的牧師、天主教的神父。
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